Місія Балаклійського ліцею Балаклійської районної державної адміністрації Харківської області полягає в створенні умов для виховання майбутньої еліти України, що забезпечують становлення  конкурентоспроможної, соціально-ефективної  особистості, яка володіє предметними, ключовими та життєвими компетентностями, дослідницькими уміннями, сформованими за програмами підвищеного рівня в умовах індивідуалізації й персоніфікації навчального процесу, побудованого з дотриманням  принципів комфортності, з обов’язковою  профілізацією. Все це в подальшому допоможе випускнику ліцею успішно «вписатися» в контекст сучасних цивілізованих процесів, що швидко змінюються, інтегруватися  в світове суспільство.